Серые 3D кнопки в MCSkin3D обычно означают, что включен режим редактирования 2D-развертки или в настройках отображения отключен второй слой скина. Переключись на вкладку просмотра Модель или проверь в верхней панели, чтобы стояла галочка на отображении Outer Layer (Hat). Если не помогает, то сама программа уже очень старая и местами багует на новых Windows, так что лучше качай Blockbench или PMCSkin3D прямо в браузере - там функционал намного удобнее и ничего не лагает.