Это соглашение такое, PSR-4. Чтобы автолоадер классов сам находил по имени класса нужный файл и подгружал его, без необходимости вручную подключать в каждом скрипте файл, в котором класс объявлен (и делать так для каждого класса, который там встречается).
Никто ниче не должен, видимо autoload за тебя кто-то настроил, например автор фреймворке. Можешь забить на все и инклайдить файлы явно. ЗЫ: а ты думал, как проект собирается из разных файлов без явного include)
Что бы проще было искать нужные документы. У меня на .Net в папке компонента лежит каждый метод в своем классе, имеющий partial. Приходится менять неймспейсы, копировать много кода, но код в итоге легко читаем и переиспользуем.