Нужно иметь виртуальную машину (например, Virtual Box), с установленной на ней "чистой" системой, нужно иметь программу виртуализации, например Thinstall Virtualization, дистрибутив, с которого программа, которую хочешь сделать портативной, будет ставиться... ну и прямые руки, ебстественно. Но, не всегда всё проходит гладко.