У вас, я так понимаю, два инстанса одной и той же программы. И как-то один инстанс должен что-то сказать другому. Используйте IPC (interprocess communication), еще можно сокеты использовать и даже обычный файл (программа периодически ищет определенный файл, и если он есть, читает из него инструкции и исполняет их)