Если фигура ничем не обведена и не залита, то ты видишь пиксели своего монитора, а если фигура имеет обводку или заливку, то ты видишь пиксели документа... это не проблема, все верно, так и должно быть - фотошоп растровый редактор и перо лишь ВСПОМОГАТЕЛЬНЫЙ элемент, оно НЕ часть изображения.