Для этих целей -мультизагрузочная флешка существует. А если просто накидать на свободное место, то создать папку и в неё закидывать что хочешь, мешать образу не будет.
Не советую. Неизвестно как будут потом работать эти программы на новом образе. Лучше сначала установить чистый образ системы, а потом кидать на нее программы.