Полная – при установке загрузкой с установочного диска. Обновление – при установке запуском setup.exe из-под существующей системы. При обновлении ты не можешь изменить конфигурацию разделов диска, система будет установлена поверх/взамен существующей. Файлы и настройки могут быть сохранены, а могут и не быть, в зависимости от того, какая система сейчас стоит. При полной установке можешь выбрать куда ставить систему и при необходимости отформатировать, удалить и перезадать разделы. Файлы на соответствующих разделах не будут потеряны, если ты их не форматировал и не удалял. Файлы из старого виндуса (опять же, если раздел С не форматировался) будут сохранены в windows.old.