Нет, поисковые системы не продвигают хуже сайты построенные на стандартных шаблонах. Но! может влиять "чистота" шаблона, т. е. если там множество мусорного кода, то он будет грузится дольше, отсюда упадет скорость загрузки и вы получите штрафы. Итог: берет любой шаблон, который имеет быструю скорость загрузки.
Если у вас много лишнего кода который в шаблоне и который не используется (а так бывает со стандартными шаблонами) то страница будет загружаться дольше и из-за этого сайт будет ниже. Совет, просто почистить код и оптимизировать сайт, тогда с выдачей будет все хорошо. Также не забывайте про уникальный контент.
Изначально вопрос не корректно поставлен. нет, поисковые системы не дают штрафов, если шаблон используется не уникальный. Но поисковые системы дают положительные оценки при уникальном шаблоне и если не используется распрастраненные cms.