Ну наверное в то время это самый популярный был и решили на нём писать. Это как сейчас большая часть игр на Юнити движке делается и на языке C#. А тогда Юнити и С# не очень популярны были, а так может быть Майнкрафт тоже был бы на Юнити создан
Дело в том, что Java не поддерживает iOS. А для полной кроссплатформенности разработчикам потребовалось изменить базовый язык, на котором написано приложение. В результате, Minecraft теперь будет доступен в двух версиях – основная написана на C++ и дополнительная – Java Edition