Там есть невидимые пользователю системные папки и файлы. В частности System Volume Information может пухнуть от накапливающихся в ней "точек восстановления" и других бэкапов. В Тотел Коммандере открой диск С и включи отображение скрытых и системных файлов. И всё увидишь.