Не может этого быть. Ну то есть приложение может, конечно, закрыть родительскую консоль, но если бы ты умел это делать - не задавал бы таких вопросов. Просто не тот уровень.
Скорее всего, ты просто запускаешь само приложение из проводника. Между тем, консольные приложения как бы на то и консольные, чтобы запускать их из консоли...
Возможно, что какая-то ошибка времени выполнения выскакивает, после чего программа возвращает управление операционной системе. Попробуйте вызывать EXE-шник не через IDE, а после сборки запускать отдельный сеанс cmd.exe, и уже оттуда давать команду на запуск EXE-шника -- чтобы посмотреть, что вывелось и на каком месте был останов.