подними город вверх /clone координаты1 координаты2 новые_координаты1 новые_координаты2 например: /clone 0 3 0 400 50 200 0 103 0 400 150 400 а потом просто удали старый город и заполни пространство под новым через /fill координаты1 координаты2
также можно это сделать через такие моды, как WorldEdit (/copy и /paste) или Axiom (новый мод-"убийца" WoldEdit'а)