скрытость файла не влияет на доступ к нему программами, это всего лишь атрибут, который говорит проводнику и другим файловым менеджерам, стоит ли показывать файл
1. Не мешает программам читать/использовать файл
2. Только скрывает из обычного просмотра в Проводнике
3. Программы с правами пользователя всё равно могут:
- Читать файл
- Изменять файл
- Удалять файл
Если нужно реально защитить файл:
- Используй шифрование
- Настрой права доступа (NTFS)
- Установи пароль
Просто "скрытый" атрибут - это чисто косметическая фича для Проводника Windows.