В 99% случаях да, вирусы могут быть только в приложениях (apk). Хотя теоретических их могут засунуть и в другие файлы (картинки, видео), но это редкость т. к нужно искать уязвимости на конкретной прошивке телефона, которые позволят выполнять произвольный код