Зависит от того, чего ты хочешь. Если ты хочешь просто попробовать восстановить систему из-за подозрения, что какие-то компоненты испорчены, или обновить на более новую версию, то верхний вариант. Они имеет свои достоинства и недостатки. При этом выборе у тебя останутся все программы, игры, которые были. Не повредятся твои персональные данные и настройки. Просто произойдёт обновление и/или восстановление системы. Минус в том, что если система работала плохо, то это не поможет. Все глюки, проблемы, зловреды (если есть) останутся на месте. Когда речь идёт о том, что требуется переустановка системы, этот вариант менее предпочтителен. Фактически, мало что изменится.
Второй вариант - чистая установка. Ты потеряешь все настройки, данные и т.п., что у тебя есть на системном накопителе. Но получишь чистую систему, не отягощенную старыми проблемами и ненужным софтом. При радикальном решении проблем или переходе на новую систему этот выбор предпочтительнее.