Оба применяются в энтерпрайзе. C# в целом работает быстрее и лучше обращается с памятью. + Там, где у явы костыль, у него встроенная фитча. Единственное, что юзабельный .net core появился лишь года три назад; поэтому его популярность лишь недавно начала набирать обороты. Более детально разбирать не буду, ибо не многое знаю о Java в целом, но уже ясно, что сей язык скоро (максимум через лет 5-10) окончательно умрет (его удерживают на плаву компании, которые успели написать жирнючие кодовые базы для своей бизнес логики), а его место займет C#.