поверх командной строки открывается окно программы. по какой причине запускается командная строка?
//otvet.imgsmail.ru/download/174622677_db1239578713180955af5a38d1e8a77e_800.png
чтобы избавиться от окна командной строки при запуске сценариев python достаточно переименовать файл *.py в *.pyw считается что файлы .py скрипты командной строки а файлы .pyw - скрипты имеющие графический интерфейс пользователя, однако программа может вообще не иметь ни интерфейса ни элементов управления и работать)