Если допустим была старая виндовс на одном разделе (физический диск без разбиения на разделы, то есть там и системные файлы, и Users и все папки, программы всё в одной куче) и установить туда новую винду, то файлы из Program Files будут задействованы в текущей системе (запущенной в данный момент) или в старой, к которой они относятся?
Нет, все папки предыдущей ОС будут перенесены в Windows.old. На случай, если вам захочется оттуда достать данные. А вообще, как уже сказал Владимир Юрганов, при нормальной переустановке папки Windows.old не будет.
при нормальной установке виндовс (с форматированием диска С) никакой папки Windows old не будет а программы всяко разно придется переустанавлваить, хоть так хоть так. установка заколючается не просто в копировании файлов, но и в прописывании программ в реестр