Индекс чего именно? И непонятно назначение 1ого цикла, если написать t = 3, будет тоже самое. А вообще есть функция index(), вам так нужно? print(B.index(-3))
Меняем оба вхождения: B.append(A) либо на: B.append((A, i)) # нужен индекс в массиве A либо на: B.append((A, len(B))) # нужен индекс в массиве B
Меняем: print(B[-1]) на: print(B[-1][1])