Вопрос как правильно указывать путь к внешнему js скрипту?

Все зависит от настройки сервера. Обычно и так и так прокатывает.

1 вариант - если указывать путь относительно корневого каталога, то есть адрес будет вида yoursite.ru/folder/script.js 2 вариант - если указывать пусть относительно того каталога в котором ты находишься - например файл в который мы встраиваем script.js находится в паке skins, в таком случае на выходе мы получим адрес вида yoursite.ru/skins/folder/script.js