во-первых, нельзя вызывать console.log внутри alert. Нужно возвращать значение: function sayHi(user) {
return "Hello!"
} А потом уже можно и вызывать функцию внутри alert.
Во-вторых, в js нужно всегда использовать export default. Проблема также может быть и в том что у тебя commonJS, в котором только поддерживается метод require. Для этого в package.json прописываешь: "type":"module"
расширение файла напиши
import { sayHi } from './sayHi.js'
И подключай главный скрипт как модуль
<script type="module"></script>