Если они и могут быть чем-то связаны, то сюжетом. Будь это непосредственное продолжение предыдущей части или же наоборот то, что было до этого (приквел и сиквел).
Как уже было описано выше - таки да, "Чистое небо" сиквел к "Тени Чернобыля" и по хронологии действия в "ЧН" происходят раньше, чем в "ТЧ". В "ЧН" Стрелок берёт пси-обруч (или шо там) у учёных на Янтаре (если помнишь, это задание присутствует в "ТЧ") и проходит Выжигатель по подземельям Припяти. На ЧАЭС ты его не убиваешь, а ранишь, в ролике видно, что он жив, и ему уже промыли мозги, т. к. на руке у него красуется татуировка "СТАЛКЕР". В "ТЧ" отказ от сотрудничества с "О-Сознанием" - каноничная концовка, и в "ЗП" Стрелок рассказывает о том, что ему поведал учёный из "О-Сознания".