В сборку часто напихивают всякий мусор, который зачастую конфликтует с драйверами твоего железа, с нужными тебе программами, в итоге приходится сносить сборку и ставить чистую винду, чтобы всё заработало) Если сам сделал для себя сборку и вырезал то, что тебе гарантированно не понадобится, а драйвера там под твоё железо - тогда нет никаких проблем, а если сборка чужая, то нет никакой гарантий, что у тебя оно заработает нормально)
Неизвестно, что автор добавил в сборку, возможено майнер, возможно троян. Неизвестно что отключил автор сборки, однажды возникнут проблемы например с подключением к другим компьютерам, а всё из за глупости этого сборщика.