Если речь про так называемый промежуточный байт-код - не испольуйте CLR и будет Вам машинный. А как Вы хотели, чтобы работали фишки .NET при компиляции под оную? =) К Вашим услугам всё еще есть MFC, ресурсы и т. д. - используйте. Никто не мешает. =)
Не совсем понимаю о чем идет речь, но что-то мне все это сильно напоминает ситуацию с российским процессором Эльбрус - тот тоже производит компиляцию в какой-то там байт-код, но это было лет 10 назад, неужели Россия впереди планеты всей, только русские об этом не знают.