По ассемблеру неплохая книга "Assembler. Учебник для вузов. Юров В. И. " По С "Б. Керниган, Д. Ритчи "Язык программирования Си" Далее зависит от того что собираешся програмировать. Есть разные микроконтроллеры от разных производителей, в общем случае открываеш даташит и по нему пилиш.