Runtime error значит незавершенность или зацикливание программы. У тебя идет зацикливание. То есть а никогда не будет больше или равно 3. Тебе нужно переделать программу так, чтобы она завершалась. Поставь в конце break или end(). a = 1 s = 0 while a < 3: a = int(input()) s = s + a**2 print(s) break