Почему мог запуститься CCleaner после включения компьютера? В msconfig -- Автозгрузка у CCleaner галочка не стоит. В настройках программы, в Запускать окно этого приложения при каждом запуске компьютера, галочка не стоит.
Может быть еще в планировщике задач. Запускать приложение при входе в систему. Такая например задача. Может установлена служба, тоже с автозапуском. Вы думаете мало мест откуда он может выстрелить?))