То, что он работает через проставку-интерпретатор. Язык С++ - компилируемый. Язык Python - интерпретируемый. В этом его и медленность. В системе должна быть запущена программа-интерпретатор языка, через которую и исполняется код языка Питон. В отличие от Питона, язык Си компилируется сразу в машинные инструкции, которые процессор исполняет напрямую.