Вопрос в том, сколько у вас физических дисков. Если С и D являются одним физическим, то умрут оба. Так что рекомендую задуматься о замене. И если будете устанавливать новую ОС, отключите остальные диски - это поможет избежать установки загрузчика на другой диск. И, разумеется, первая ОС всегда назначает своему разделу букву С.