Смотря от типа накопителя и данных на этом самом накопителе. Если это пассивные файлы и лежат они на HDD, то фактической разницы нет, скорости диска не падают столь значительно. Однако, если это файловый мусор всяких приложений что работают в фоне, то естественно влияение будет. В случае SSD заполнение выше 80% приведет к потери скорости чтения/записи и более сильному износу ячеек памяти, от менее равномерной перезаписи. Для SSD m2 все еще критичней, их скорость достигает гигабайты в секунду, но при сильном захламлении любыми файлами его скорость падает до скоростей SATA SSD и ниже. Впринципе, не стоит захламлять любой диск, если на нем стоит система, то тем более.