Стоял такой же выбор и передо мной, Подземку сразу отбросил, т. к это тупо спасать синтов и жертвовать своей жизнью (их идеология). Дальше выбор между БС и институтом, в БС меня притягивало множество миссий и отличный напарник который просто разносит всех в клочья, а за институт притягивали правила морали мол это твой сын, ты искал его всю игру. От выбора зависит только набор миссий и какакие фракции останутся (выберешь институт БС и подземка будут уничтожены) так что в принципе если очень сложно выбрать можешь сделать сохранение, потом выбрать одних, поиграть за них пару миссий, а потом за других. И после выбрать кто понравился больше и играть за них (так сделал я).