Несколько возможных причин, по которым программы не запускаются со второго жёсткого диска, и способы их устранения:
В BIOS не выставлен приоритет загрузки с основного диска. Нужно зайти в BIOS и выставить приоритет.
Второй жёсткий диск ранее использовался, и на нём есть важные данные. Перед установкой второго диска рекомендуется провести его форматирование, при условии, что на нём нет важных данных.
Неисправны кабели подключения Sata и питания блока питания (БП). Иногда БП компьютера не выдаёт необходимого напряжения для полноценного запуска жёсткого диска по определённой линии.
Второй жёсткий диск повреждён. Можно попробовать подключить его к другому рабочему компьютеру через специальный USB-переходник или док-станцию.
Программы установлены не на тот же диск, что и операционная система. В таком случае может потребоваться переустановка приложений.
Если самостоятельно решить проблему не удаётся, стоит обратиться к специалисту.