Не может этого быть. Ну то есть приложение может, конечно, закрыть родительскую консоль, но если бы ты умел это делать - не задавал бы таких вопросов. Просто не тот уровень.
Скорее всего, ты просто запускаешь само приложение из проводника. Между тем, консольные приложения как бы на то и консольные, чтобы запускать их из консоли...