1. Выбирая между PHP и JS - однозначно JS. Есть большое кол-во различных библиотек по нейронным сетям. Куча готовых проектов (примеров) по задачам уровня распознавания образов. JS быстрее, во всяком случае на движке v8 (хром или нода). JS "поддерживает" вычисления на стороне видеокарты - есть библиотеки (в вебе/десктопе это делается через шейдеры в webgl, на сервере есть варперы на opencl или cuda). 2. Зависит от того, какие задачи вы хотите решать с помощью ИИ. К примеру тот же Prolog - это скорее какие-то экспертные системы, работа с языковой семантикой, моё мнение крайне узкоспециализированный. Lisp - как-то советовать тоже не стал бы, только если вы интересуетесь функциональным программирования (и то, Haskell интереснее будет, но Лисп не помешает). Очень много прикладных вещей сейчас делают на Python или С++. Если вы действительно знаете JS, то можете на нём остановиться, уверен, все ваши задачи он перекроет. А потом будет видно, чего не хватает и стоит ли искать что-то узкоспециализированное.