Открыть файл на запись, записать по всему файлу нули или мусор, удалить файл. При восстановлении содержимое будет не восстановить. Ну это простой путь. Можно заморочиться и задействовать функции, напрямую работающие с файловой системой опрерационной систем, в которой вам нужно провернуть данный трюк. К примеру, таким фунционалом обладают дефрагменторы файловой системы, в которых есть функция "заполнять нулями неиспользуемое пространство диска".