Скобки как и везде, помогают построить логические конструкции. В твоём виде просто упрощаем конструкцию и получаем вот такой вид
x = 3
if x == (True or True or True):
print('yes') # этот код выдает пустой результат
т.е.
if x == True:
print('yes') # этот код выдает пустой результат
т.е.
if False:
print('yes') # этот код выдает пустой результат
x = 3
if x == 1 or True or True:
print('yes') # в то время как этот работает как надо
#т.е.
if False or True or True:
print('yes') # в то время как этот работает как надо
#т.е.
if True:
print('yes') # в то время как этот работает как надо
Предполагаю что в первом варианте ты хотел исполнить вот такую конструкцию x = 3
if x in (1,3,5):
print('yes')