Был такой хакер, который в 1999 году взломал НАСО и похитил исходные коды космической международной орбитальной станции. Они были написаны на языке программирования С. Число строк кода 40 000 000. Скорее всего программы пишут на языке С с ассемблерными вставками. Может быть еще используют языки искусственного интеллекта: Lips, Prolog
Разные задачи - разные языки программирования. Используется и ассемблер и старый, добрый С. Некоторые космические программы были созданы на языке программирования "Дракон" отечественной разработки. Например, программа пилотирования "Бурана", "Морской старт", "Протон", "Фрегат" и др. космические и военные программы.