.NET прекрасно компилирует сразу в машинный код - так что никаких накладных расходов на виртуальную машину у C# нет. А .NET Core генерирует код, который работает напрямую с Linux - безо всяких эмуляторов Windows. Python - один из самых медленных среди популярных языков. Медленнее Python, фактически, только Ruby. Даже PHP быстрее, чем Python. Исходи из того, что Python-код работает не "чуть", а раз в 10 медленнее, чем C#-код. Разумеется речь про код, написанный на самом Python, а не про библиотеки, которые написаны на C/C++.