Думаю, что в вашем случае просто вызывать функцию в самом скрипте. Здесь правда есть несколько подводных камней. Чтобы о них точно не думать, надо просто скрипт подключить в конце тега body, прямо переде / body (ну или после ноды, в которой происходят изменения). В этом случае у вас будут доступны изменяемые ноды в дереве. Если у вас подключен jQuery, то можно обернуть стартовый вызов нужной вам функции в $(function () { }); и подключать скрипт как хотите (ну с учетом другой логики конечно) Если jquery нет, то можно подключить какую нить совсем tiny библиотеку с кроссбраузерной реализацией события DOMContentLoaded. Но лучше обо всем этом не думать и просто подключить скрипт в самом конце.