Довольно размытый вопрос. Для примера сайт может содержать всего один файл. HTML страница, в которой css и javascript прописаны в теле этого же документа. Если сайт динамический то минимум одного php файла. Если брать готовые движки сайтов вроде wordpress, joomla, drupal и т. п. То там где-то от 2000 до 25000 файлов, смотря какой. Но мне кажется что вас мучает вопрос почему ftp менеджер так долго грузит файлы. Если да, то потому что их много, был бы один но весом 1гб, то он загрузится в разы быстрее чем 100000, но общим весом в 1мб. Теперь о причинах, во первых ftp или sftp не самый быстрый протокол. Во вторых серверу нужно создать каждый каталог, подкаталог и т. п. В третьих огромное число записей на диск сервера, помимо самих файлов, сервер пишет логи, это кто подключился к серверу, создан каталог, начата передача, завершена... и т. п. А это каждый раз обращение к файлами журналов, все что у вас выводится в filezilla. Помимо этого может стоять фаэрвол на сервере, который проверяет каждый передаваемый вами запрос на наличие уязвимости.