Могут ли хакеры выборочно заражать устройства посетителей, например исходя из них поведения на сайте, блогов и т.п. Включая широко известные сайты с хорошей репутацией.
Это так и происходит. Если на сайт входит опытный пользователь, он, обнаружив попытку что-то подсадить, сразу оттуда и уходит. Лох качает и устанавливает.