Можно. Зависит от конкретной версии Windows 7/8x/10. Может и удалить файлы, а может не удалить. Windows XP и любая приличная операционная система, установленная правильно, конечно не затронет файлы. Если сохранить их заранее на внешний носитель/облако, то с ними точно ничего не случится.